Au cours des années de développement de la Fraternité Saint-Pie X, son fondateur a, à plusieurs reprises, recouru aux messages de Notre Dame à La Salette ou à Fatima pour montrer que la Très Sainte Vierge Marie avait averti contre les dangers de notre temps, nous avait prévenu contre la déchristianisation des sociétés et même d'une partie du clergé. Peu de temps après les sacres, à l'occasion d'une retraite spirituelle qu'il a dispensé en 1989, Mgr Marcel Lefebvre a cependant voulu mettre les choses au point et mettre en garde contre l'abus de ces prédictions. Fonder toute sa foi sur les apparitions est dangereux, a-t-il expliqué. C'est une maladie qui pourrait gagner nos milieux a-t-il indiqué :
« Il y en a qui se croient obligés de faire état de toutes les apparitions, même celles qui ne sont pas reconnues officiellement par l’Eglise et leur prédication est constamment appuyée par ça, il semble que s’ils n’avaient pas cela, ils auraient de la peine à étayer, je dirai, la prédication qu’ils font. C’est dommage parce que ça fait fausser un peu l’esprit des fidèles. Les apparitions sont des suppléments que le Bon Dieu veut bien nous donner par l’intermédiaire de la Très Sainte Vierge, mais ce n’est pas ça qui doit faire le fondement de notre spiritualité, ce n’est pas ça qui doit faire le fondement de notre foi ; s’il n’y avait pas l’apparition, la foi resterait la même, et les fondements de notre foi resteraient les mêmes. Alors il est un peu dangereux de donner l’impression que sans les apparitions on ne pourrait pas tenir devant les difficultés actuelles dans la vie spirituelle. C’est dommage ! C’est dangereux.
« Et puis, vous le savez bien, aux apparitions pour lesquelles il peut y avoir une probabilité d’intervention de la Très Sainte Vierge, d’intervention miraculeuse, il y a une foule, foule de messages, de communications, invraisemblables, invraisemblables, plus extravagantes les unes que les autres. Je dirais presque : plus c’est extravagant, et plus on y croit. C’est très dangereux, très dangereux. Certainement le démon profite de cela. Enfin c’est un des moyens pour le démon presque de détourner les âmes des fondements de la foi, et de les entraîner comme ça vers du sentimentalisme, vers une piété qui n’est plus fondée vraiment sur la foi, sur Notre Seigneur. Personnellement, j’ai toujours été, je me suis efforcé vraiment au séminaire de donner de nouveau ces principes fondamentaux de la foi, et d’éviter cette introduction trop insistante des différentes apparitions.
« Qu’on aille à Fatima, qu’on aille à Lourdes, qu’éventuellement et individuellement on aille prier à San Damiano ou à Garabandal, bon, à la Salette, c’est bien ! Mais qu’on en fasse encore une fois une espèce de condition et que si quelqu’un n’y va pas, ou si quelqu’un, je ne sais pas, ne suivrait pas ce qu’une personne a entendu, ou un message qu’elle a reçu là où elle se trouvait dans ces apparitions et qu’on ne le suive pas, alors on est plus catholique, on est plus chrétien si on ne suit pas ses injonctions qui sont données soi-disant par la Sainte Vierge par telle personne qui a été là-bas. Ça devient impossible ! c’est inadmissible ! On ne peut pas se laisser guider par ces choses-là, ce n’est pas possible ! Alors il faut être très, très, très, très prudent, et malheureusement, il faut le dire, cette maladie, si on peut dire, se développe énormément dans les milieux traditionalistes, énormément. Peut-être encore plus même dans les milieux d’Allemagne et de Suisse allemande. Je ne sais pas pourquoi, je ne sais pas à quoi ça tient, je n’en sais rien. Mais il y a certainement dans ce milieu une proportion plus grande à recevoir tous ces messages et toutes ces choses extraordinaires.
« Alors prenons bien garde dans ces prédications de ne pas nous lancer dans ce domaine et de ne pas détourner les gens des efforts qu’ils doivent faire, appuyés sur les principes traditionnels de l’Eglise. Il faut avoir cette conviction, et il faut mettre dans l’esprit des gens cette conviction que toute la rénovation de la société, des individus, des familles, ne viendra que par Notre Seigneur Jésus-Christ. C’est vraiment le principe de saint Pie X. Et c’est pourquoi le patronage de saint Pie X nous est si utile : instaurare omnia in Christo. Il ne faut pas chercher midi à quatorze heures ; c’est inutile d’aller chercher ailleurs ; il faut tout restaurer dans le Christ. Et si l’on prêche le Christ, tout viendra, tout, tout, tout, jusqu’aux dernières conséquences, jusqu’à la christianisation de la société toute entière. Ça viendra par Notre Seigneur Jésus-Christ. Plus nous prêchons Notre Seigneur Jésus-Christ, plus nous prêcherons son règne, plus nous prêcherons la dépendance des âmes de Notre Seigneur Jésus-Christ et plus nous ferons avancer la sanctification des individus, la sanctification des familles et la sanctification des sociétés. Ça, c’est clair ! Il ne faut pas chercher par ailleurs. »
Mgr Lefebvre parlait d'autant plus librement de ce sujet qu'il était un dévot de la Très Sainte Vierge Marie et qu'il se rendait régulièrement dans les lieux qu'elle avait bénis de sa présence. Déjà la famille Lefebvre partait régulièrement en pèlerinage à Lourdes où le père, René Lefebvre, servait comme brancardier. Le fondateur de la Fraternité Saint-Pie X n'y manquait jamais de s'y arrêter. La photographie qui a servi de couverture pour la version française de la biographie écrite par Mgr Tissier de Mallerais y a d'ailleurs été prise.